enterobakteriler

enterobakteriler
Citrobacter freundii (ikincil elektron mikroskobu görüntüsü)

Citrobacter freundii (ikincil elektron mikroskobu görüntüsü)

sistematik
Etki alanı : Bakteriler (Bakteriler)
Departman : proteobakteriler
Sınıf : Gamaproteobakteriler
sipariş : enterobakteriler
Bilimsel ad
enterobakteriler
Adeoğlu et al. 2016

Enterobacteria veya temsilcileri Enterobacterales için 2016 yılında kurulmuş olan büyük bir grup olan bakteriler etki . Filogenetik sisteme sonra ait oldukları sınıfın arasında Gammaproteobacteria içinde Bölümü ( Divisio üzerine, prokaryotlarda olarak filum adlandırılır) Proteobacteria ve kendi düzenini oluştururlar.

2016'dan önce, bu bakteri grubu için "Enterobacteriales" adı kullanılıyordu, ancak bu, Bakteriyolojik Kod (ICBN) kurallarına göre geçerli değildi. Ayrıca, takım içinde sadece bir aile - Enterobacteriaceae - vardı. Enterobacterales takımının kurulmasıyla daha önce bilinen taksonlar birkaç yeni familyaya bölünmüştür . Yeni sistematik , örneğin, Escherichia , Morganella ve Yersinia cinslerinin üç farklı familyaya ait olduğu anlamına gelir ( Sistematik bölümüne bakınız ).

Enterobakteri adı enteron'dan ( eski Yunanca ἕντερον 'bağırsak') türetilmiştir , çünkü bunların çoğu tipik bağırsak sakinleridir . Ancak birçok serbest yaşayan ve her yerde bulunan, kolonda yaşamayan bakteri türleri de bu sıraya dahildir.

özellikleri

Görünüm

Hücreler olan çubuk şeklinde ve genellikle 1 ila 5  um uzunluğunda ve 0.5-1.0 um ile ilgili. Hiçbir endosporlarının edilir kurdu. Çoğu flagella ile aktif olarak hareket edebilirler , hareketlidirler , ancak aktif olarak hareket edemeyen türler de vardır. Yana hücre duvarı birkaç oluşur murein tabakaları ve bir ikinci, dış membranın imal fosfolipidler ve lipopolisakkaritler , enterobakteria olan gram-negatif .

metabolizma

Metabolizmaları fakültatif olarak anaerobiktir , bu nedenle oksijen varlığında oksidasyon yoluyla maddeleri parçalayabilir ve anaerobik koşullar altında (oksijen yok) fermente edebilirler . Bireysel türleri ayırt etmek için kullanılan iki önemli anaerobik metabolik yol, 2,3-bütandiol fermantasyonu ve karışık asit fermantasyonudur ( karışık asit fermantasyonu ). Karışık asit fermentasyonunda, nihai ürünler ve yan ürünler, esas olarak asetik asit , laktik asit ve süksinik asit (süksinat) gibi asitlerdir , ancak bütandiol yoktur . 2,3-bütandiol fermentasyonunda, glikozun fermantasyonu, son ürünler ve yan ürünler olarak daha az miktarda asit ile sonuçlanır, ancak hepsinden öte, büyük miktarlarda alkol 2,3-bütandiol . 2,3-bütandiol, fermantasyon bir başka özelliği, ara ürün asetoin ve çok daha yüksek gaz üretimi ( CO 2 ). Bütandiol fermantasyonu z bulunur. B. Enterobacter , Klebsiella , Erwinia ve Serratia . Diğer şeylerin yanı sıra karışık asit fermantasyonu kullanın. Escherichia , Salmonella ve Proteus gibi cinsler .

Bireysel cinsleri belirlemek için çok sayıda tanı testi kullanılır. Örneğin, 2,3-bütandiol fermantasyonunun ara ürün asetoini , Voges-Proskauer testi yardımıyla tespit edilir . β-galaktosidaz enziminin tespiti de sıklıkla ayırt etmek için kullanılır. Bu enzime sahip bakteriler, hidrolitik olarak disakkarit laktozu (süt şekeri) metabolizmada kullanmak üzere monosakkaritler olan glukoz ve galaktoza parçalayabilirler.

filogenetik

Filogenetik yöntemler kullanılarak kabile tarihi ve bakteriler arasındaki ilişkiler netleştirilebilir. Yayınlanmış 2016 Sipariş Tanımı'nda Enterobacterales , siparişin üyeleri için tipik olan, ancak diğer bakteri oluşumunda olmayan beş korunmuş karakteristik indel (İng. ' Korunan imza eklemeleri ve silmeleri ; ayrıntılar CSI Bölüm Sistematiği ve Taksonomisine bakın ) kümesidir. Beş CSI , L - arabinoz - izomeraz proteinleri , uzama faktörü benzeri protein -P YeiP , peptid ABC taşıyıcı permeaz , pirofosfataz ve varsayımsal bir protein kodlaması için gen dizilimlerine bundan önce gelir .

oluşum

Kanlı agar üzerinde Proteus Sürüleri

Birçok enterobakteri, insan ve hayvanların sağlıklı bağırsak florasının bir parçasıdır ; ancak çevrenin her yerinde (toprak, su) da bulunurlar. Bazıları insanlarda ve hayvanlarda patojendir. Genellikle hastane patojenleri ("hastane mikropları") olarak ortaya çıkarlar ve bağışıklık sistemi zayıf olan insanlara saldırırlar .

Enterobakterilerin muhtemelen en önemli temsilcisi, genetik , biyokimya ve mikrobiyolojideki en önemli model organizmalardan biri olan Escherichia coli'dir . Proteus cinsi de , sözde "sürü fenomeni"nin gözlemlendiği yerde göze çarpmaktadır . Bu bakterilerin kolonileri bir agar plakasına yayıldığında , eşmerkezli halkalara sahip bir bakteri çimi görülür.

Sistematik ve taksonomi

Filogenetik sistematiğinde kullanılan yöntemler

"Enterobacteriales" temsilcileriyle, özellikle prokaryotlar için tipik bir ribozomal RNA temsilcisi olan 16S rRNA'nın araştırılmasına dayanan son birkaç yılın filogenetik yöntemlerinin sonuçları tatmin edici bir sonuca yol açmadı. Bu nedenle, Kanada, Ontario'daki McMaster Üniversitesi'nden birkaç bilim adamının ( Adeolu ve diğerleri) amacı, grubun mümkün olduğu kadar çok temsilcisinin genetik özelliklerinin karşılaştırılmasına dayanan bir filogenetik sistem oluşturmaktı . Araştırma sırasında (2016), enterobakterilere ait 54 cinsten 14.000 genom , Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi'nin (NCBI) genom veritabanında zaten mevcuttu . Analiz için 179 temsili genom dizisi kullanıldı ve her durumda enterobakterilerin temsilcileri arasındaki evrimsel ilişkileri temsil eden bir filogenetik ağaç oluşturmak için çeşitli moleküler işaretler seçildi ve karşılaştırıldı .

Bir yandan, 1548 ana proteinler edildi grubu ve tipik olarak, kullanılan DNA dizilerinin bu kod proteinleri için karşılaştırılmıştır . Benzer şekilde 53 ribozomal protein (rProtein) kullanılmış ve dört proteini kodlayan birkaç lokusun ( MLSA ) DNA dizi analizi gerçekleştirilmiştir. Proteinler GyrB ( Giraz B) rpoB , ATPD ve InfB . Bu şekilde oluşturulan üç filogenetik ağaçlar homojen bir resim, yedi her üreten bir daldaki , her olarak bilinen Enterobacter- Escherichia dalının, Envinia-Pantoea dalının, Pectobacterium-Dickeya dalının, Yersinia Serratia dalının, Hafnia-Edwardsiella dalının, Proteus Xenorhabdus -Klade ve Budvicia -Klade. Buna dayanarak, Enterobacterales düzeni yedi aile ile tanımlanır (başka bir aile, Thorselliaceae, ilk önce başka bir bilim insanı grubu tarafından tanımlanmıştır ). Bu filogenetik analizin sonucu, genom ilişkisinin analizinin sonuçları ile desteklenmektedir . Bu yöntem ayrıca DNA-DNA hibridizasyonunun yerine silico (bilgisayar tabanlı) olarak gerçekleştirilir ve taksonomik olarak daha yüksek sıraların sınıflandırılması için yararlıdır.

Genom analizi aynı zamanda, yakından ilişkili bir organizma grubu içinde birbirinden çok farklı olmayan veya pek farklı olmayan 'korunmuş (korunmuş) moleküler özelliklerin' keşfedilmesini veya tanımlanmasını sağlarken, başka bir gruptaki organizmalarda bunlar evrim yoluyla önemli ölçüde değişmiştir. Prokaryotların filogenetik sistemi için ' korunmuş karakteristik indeller ' ( korunmuş imza eklemeleri ve silmeleri , CSI) kullanılır. Gruba özgü CSI'ler, diğer gruplarda değil, bu grubun tüm temsilcilerinde meydana geldikleri için belirli bir taksonun (örneğin bir düzen) özelliğidir. Gruba özgü bir CSI'nin orijinal Indel'i muhtemelen son ortak atadaki bölünmeden önce ortaya çıktı ve grubun sonuçta ortaya çıkan temsilcileri tarafından devralındı ​​(“miras yoluyla”). Adeolu ve ark. Enterobacterales takımının tüm temsilcilerine özgü olan ve bu nedenle tanımları için kullanılan beşi de dahil olmak üzere 71 CSI'nin keşfidir. Kalan 66 CSI, yedi gruba özgüdür ve sistematik sınıflandırmaları için yeni keşfedilen enterobakteri türlerinin gelecekteki genom analizlerinde kullanılabilir.

Enterobacterales düzenindeki ilişkiler üzerine kladogram (2016 itibariyle)
 5 CSI 
 9 CSI 

Budvicia clade → Budviciaceae


   
 7 CSI 

Proteus Xenorhabdus clade → Morganellaceae


   
 4 CSI 

Hafnia Edwardsiella clade → Hafniaceae


   
 3 CSI 

Yersinia Serratia clade → Yersiniaceae


   
 4 CSI 

Pectobacterium Dickeya clade → Pectobacteriaceae


 6 CSI 
 12 CSI 

Erwinia Pantoea clade → Erwiniaceae


 21 CSI 

Enterobacter Escherichia clade → Enterobacteriaceae








Şablon: Klade / Bakım / Stil
Kladogram, ilişkili korunan karakteristik indellerin (CSI) sayısını gösterir. Thorselliaceae familyası dahil değildir.

2016'dan elde edilen kapsamlı genom çapında analizlerin sonucu, aşağıda sunulan sistematiktir.

Sipariş terminolojisi ve taksonomisi

Cins Enterobacter değildir tipi cinsi Enterobacteriaceae ailesinin, bu cins olan Escherichia . Bu sapması bu kurulan gelen isimlendirme göre Bakteriyolojik Kanunu ( Bakterilerin Sınıflaması Uluslararası Kanunu 1958 yılında kurulmuş), Yargı Görüş 15 Yargı Komisyonu arasında (kabaca "adli veya tarafsız komisyon") sistematiği Uluslararası Komisyonu Prokaryotlar ( Uluslararası Prokaryotların Sistematiği Komitesi , ICSP). Bakteriyolojik kodun kurallarına göre, Escherichia cinsine sahip bir siparişin sonuç olarak "Escherichiales" olarak adlandırılması gerekirken, Enterobacter cinsine sahip bir siparişin "Enterobacterales" olarak değil "Enterobacterales" olarak adlandırılması gerekir. Yeni sistemin kabulünü sağlamak ve siparişi "Escherichiales" olarak adlandırırken olası karışıklığı önlemek için Enterobacterales ord. kasım Enterobacter türü cinsi ile seçilmiştir.

Mevcut sistem

Koloniler, bir Enterobacter cloacae , bir ilgili besleyici ortam

2016 yılında kurulan Enterobacterales takımı, toplamda yaklaşık 60 cinse sahip sekiz aileyi içermektedir. Yeni kurulan ve dolayısıyla bakteriyolojik kodun (ICBN) kurallarına uyan düzenin tip cinsi Enterobacter cinsidir . Enterobacterales Adeolu et al. 2016 sipariş. kasım 2005 tarihli Bergey's Manual of Systematic Bacteriology'deki Enterobacteriaceae familyasının tanımına karşılık gelir ve ek olarak düzenin temsilcileri diğer tüm bakterilerden beş CSI ile ayırt edilebilir.

Cinsi Phytobacter Zhang ve diğ. 2017 düzeltme. Pillonetto et al. 2018 henüz herhangi bir aileye atanmadı

Aşağıda, ona ait türlerin çoğunu isimlendiren (2019 itibariyle) ona ait ailelerin bir listesi bulunmaktadır.

  • Budviciaceae Adeolu ve ark. 2016, aile. kasım
    • Budvicia Bouvet, et al. 1985 düzeltme. Lang et al. 2013, ailenin cins cinsi
    • Leminorella Hickman-Brenner ve ark. 1985
    • Pragia Aldova et al. 1988
Klebsiella pneumoniae
(ikincil elektron mikroskobu görüntüsü)
Salmonella'nın ikincil elektron mikroskobu görüntüsü (kırmızı renkli)
  • Erwiniaceae Adeolu ve ark. 2016, aile. kasım
    • Buchnera Munson et al. 1991
    • Erwinia Winslow, et al. 1920 (Onaylı Listeler 1980) düzeltildi. Hauben et al. 1998, ailenin cins cinsi
    • Pantoea Gavini ve ark. 1989 düzeltme. Brady et al. 2010
    • Phaseolibacter Halpern ve ark. 2013
    • Tatumella Hollis ve ark. 1982 düzeltme. Brady et al. 2010
    • Wigglesworthia Aksoy 1995
Kanlı agarda Morganella morganii kolonileri
  • Pectobacteriaceae Adeolu ve ark. 2016, aile. kasım
    • Brenneria Hauben et al. 1999 düzeltme. Brady et al. 2012 düzeltme. Brady et al. 2015
    • Dickeya Samson et al. 2005
    • Lonsdalea Brady ve ark. 2012
    • Pectobacterium Waldee 1945 (Onaylı Listeler 1980) düzeltildi. Hauben et al. 1998, ailenin cins cinsi
    • Sodalis Dale ve Maudlin 1999
Gram boyamadan sonra Yersinia enterocolitica'nın ışık mikroskobu görüntüsü

Bazı eş anlamlılar ve değişiklikler

  • Tüm türler Levinea Young ve diğ. 1971 Werkman & Gillen , 1932'de Citrobacter cinsine eklendi
  • Çeşitli Erwinia TİPLERİ cinslerinde edildi Pantoea , Enterobacter , Pectobacterium ve Brenneria bölünmüş
  • Liquidobacterium , Proteus'un eş anlamlısıdır.

Raporlama gereksinimi

Almanya'da, Enterobacterales'in doğrudan tespiti , Enfeksiyondan Korunma Yasası'nın (IfSG) 7. Bölümüne göre , ancak doğal direnç durumu dışında , yalnızca bir karbapenemaz determinantının veya karbapenemlere karşı duyarlılığın azalmasının kanıtı varsa, ismen bildirilmelidir. . Bildirim yükümlülüğü sadece enfeksiyon veya kolonizasyon durumunda geçerlidir. (Bölüm 7, Paragraf 1, Cümle 1, No. 52 b) IfSG)

Ayrıca, salgın bağlantısı muhtemel veya şüphelenilen iki veya daha fazla hastane enfeksiyonunun ortaya çıkması ismen bildirilmemelidir . ( § 6 Paragraf 3 IfSG).

kabarma

Edebiyat

Bireysel kanıt

  1. ↑ a b c d e f g h i M. Adeolu, S. Alnajar, S. Naushad, RS Gupta: 'Enterobacteriales'in genom tabanlı filogenisi ve taksonomisi: Enterobacterales ord. kasım Enterobacteriaceae, Erwiniaceae fam familyalarına ayrılmıştır. Kasım, Pectobacteriaceae familyası. Kasım, Yersiniaceae fam. Kasım, Hafniaceae familyası. Kasım, Morganellaceae fam. kasım ve Budviciaceae fam. kasım İçinde: Uluslararası Sistematik ve Evrimsel Mikrobiyoloji Dergisi. Hayır. 66 , Aralık 2016, s. 5575-5599 , doi : 10.1099 / ijsem.0.001485 .
  2. ↑ Radhey S. Gupta, Emma Griffiths: Bakteriyel Filogenide Kritik Sorunlar. İçinde: Teorik Nüfus Biyolojisi. Hayır. 61 , Haziran 2002, s. 423-434 , doi : 10.1006/tpbi.2002.1589 , PMID 12167362 .
  3. ^ Jean Euzéby, Aidan C. Parte: Cins Enterobacter. İçinde: Adlandırmada Duran Prokaryotik İsimlerin Listesi, Bakterilerin Sistematiği (LPSN) . 20 Aralık 2019'da alındı .
  4. ↑ SP Lapage, PHA Sneath, EF Lessel, VBD Skerman, HPR Seeliger, WA Clark (Ed.): International Code of Nomenclature of Bakteri - Bakteriyolojik Kod, 1990 Revizyonu . ASM Press, Washington (DC), ABD 1992, ISBN 1-55581-039-X ( NCBI Bookshelf ).
  5. ↑ P. Kämper, SP Glaeser, LKJ Nilsson, T. Eberhard, S. Håkansson, L. Guy, S. Roos, H.-J. Busse, O. Terenius: Thorsellia kenyensis sp. kasım ve Thorsellia kandunguensis sp. kasım, Thorselliaceae familyasının üyeleri olarak Anopheles arabiensis larvalarından izole edilmiştir. kasım İçinde: Uluslararası Sistematik ve Evrimsel Mikrobiyoloji Dergisi. Hayır. 65 , Şubat 2015, s. 444-451 , doi : 10.1099 / ijs.0.070292-0 .
  6. ^ A b Jean Euzéby, Aidan C. Parte: Alanların ve filumların sınıflandırılması - Prokaryotların (bakteriler) hiyerarşik sınıflandırması. İçinde: Adlandırmada Duran Prokaryotik İsimlerin Listesi, Bakterilerin Sistematiği (LPSN) . 20 Aralık 2019'da alındı .

İnternet linkleri

Commons : Enterobacterales  - resim, video ve ses dosyalarının toplanması
Vikitür : Enterobacterales  - Tür Dizini