Kısa serpiştirilmiş nükleer element

Altında kısa serpiştirilmiş çekirdek elemanlarının ( SINE , İng. Kısaca, serpiştirilmiş çekirdek sekansı öğeleri) tipik olarak 100 ila 400 anlaşılır baz çifti uzunluğunda, sık tekrarlanan ve nispeten serbest bir şekilde dağıtılmış DNA dizileri de genom . Sinüsler genellikle bir RNA'yı bir ara aşama ( retro eleman ) olarak kullanan ve uzun terminal tekrarları olmayan (LTR olmayan retrotranspozonlar ) yer değiştirebilir elemanlar arasında sayılır . Bununla birlikte, daha dar anlamda transpoze edilebilir öğeler, kendileri bir transpozazı kodlayan ve dolayısıyla genomik pozisyonlarını değiştirmek için içsel bir yeteneğe sahip olan DNA sekansları olarak tanımlanır. Daha uzun LINE'ların aksine , SINE'ler otonom değildir, ancak kendilerine ait olmadıklarından (veya artık olmadıklarından) harici bir ters transkriptaz (genellikle LINE'lar tarafından kodlanır) gerektirirler .

SINE'ler genellikle 3 'dizisindeki LINE dizileriyle eşleşir ve genellikle 7SL-RNA veya tRNA'lar gibi küçük RNA'lar için dejenere olmuş genlerdir . tRNA ile ilişkili SINE'ler, bir tRNA'ya homolog bir bölge, tRNA benzeri olmayan bir bölge ve bir değişken (8-50 bp ) AT bakımından zengin 3 'ucuna sahip bir kompozit yapıya sahiptir . TRNA-homolog sekans, bir RNA polimeraz III - promotörü içerir . Buna göre RNA polimeraz III tarafından kopyalanırlar .

Önemli bir SINE ailesi, yalnızca primatlarda bulunan sözde Alu ailesidir . Diğer aileler tüm memelilerde ( monotonlar ve keseli hayvanlar dahil ) oluşur ve bu nedenle, memeli çapında serpiştirilmiş tekrarlar (MIR) olarak da adlandırılır . Gibi bazı organizmalarda Örneğin, meyve sineği Drosophila melanogaster veya nematod Caenorhabditis elegans, SINE'lerden yoksundur.

SINE'ler insan genomunun yaklaşık% 14'ünü oluşturur.

SINE'ler birçok bitki genomunda da bulunur. Örneğin, SINE'ler yüksek çeşitlilikte ve değişen kopya sayılarına sahip çeşitli tahıl türlerinde yaygındır.

Edebiyat

  • P. Capy, C. Bazin, inter alia: Transposable Elementlerin Dinamikleri ve Evrimi. Landes Bioscience ve Chapman & Hall, 1998.

Bireysel kanıt

  1. ↑ TH Eick Bush, AV Furano: Meyve sinekleri ve insanlar retrotranspozonlara farklı tepki verir. In: Genetik ve gelişimle ilgili güncel görüş. Cilt 12, Sayı 6, Aralık 2002, sayfa 669-674, ISSN  0959-437X . PMID 12433580 . (Gözden geçirmek).
  2. ↑ Torsten Wenke, Thomas Döbel, Thomas Rosleff Sörensen, Holger Junghans, Bernd Weisshaar: Kısa Serpiştirilmiş Nükleer Element Ailelerinin Hedefli Tanımlanması Bitki Genomlarında Yaygın Varoluşlarını ve Aşırı Heterojenliklerini Göstermektedir [W] . İçinde: Bitki Hücresi . bant 23 , hayır. 9 , Eylül 2011, ISSN  1040-4651 , s. 3117-3128 , doi : 10.1105 / tpc.111.088682 , PMID 21908723 , PMC 3203444 (ücretsiz tam metin).
  3. ↑ Anja Kögler, Thomas Schmidt, Torsten Wenke: Otlarda kısa serpiştirilmiş çekirdek element (SINE) ailelerinin ortaya çıkışının evrimsel modları . In: The Plant Journal . bant 92 , hayır. 4 , 1 Kasım 2017, ISSN  1365-313X , s. 676-695 , doi : 10.1111 / tpj.13676 .